医院设有呼吸内科、心血管内科、神经内科、消化内科、肿瘤内科、内分泌科、肾内科、血液内科、骨科、神经外科、胸心外科、肝胆脾胰、胃肠外科、甲乳科、肛肠科、泌尿外科、中医骨伤科、烧伤整形科、介入与血管、儿科、妇产科、眼科、耳鼻咽喉头颈、口腔科、老年医学科（含风湿等专业）、感染性疾病科、中医科、皮肤科、康复医学科、放射治疗科、急诊科、重症医学科、疼痛科、麻醉科、医学影像科（MRI、放射、CT）、超声检查科、检验科、病理科、高压氧舱、脑电图室、心电图室、超声影像科、肌电图室、健康体检科等临床科室和医技科室。
一、福建省级临床重点专科建设项目：胸心外科。
二、莆田市级临床重点专科：消化道内镜科。
三、医院重点专科：急诊科、胸心外科、口腔科、麻醉科、妇产科。
四、医院优势学科：妇产科、神经外科、骨科、胸心外科、消化内科。
一、优势病种：妇科肿瘤、不孕症、产后大出血、羊水栓塞、DIC、子痫、前置胎盘和胎盘早剥大出血、宫外孕休克、脑出血、脊髓病变、颅内肿瘤、颅内血管性疾病、脑外伤、复杂性骨折、关节内骨折、骨肿瘤、食管癌、手汗症、上下消化道出血、急性胰腺炎、慢性肝病、肝硬化、急慢性胆囊炎、胆石症、胃十二指肠溃疡、反流性食管炎、胃肠动力障碍、幽门螺旋杆菌相关疾病、慢性结肠炎、胃肠道肿瘤、胃肠道息肉。
二、优势技术：颅脑外科手术、全耳廓再造术、复杂先天性心脏病手术、心血管介入诊疗技术、恶性肿瘤介入治疗技术、断肢再植手术、横形腹直肌肌皮瓣转移全乳房再造术、椎间盘镜手术、全髋关节置换手术、离断阴茎再植、腹股沟皮瓣阴道再造术、内窥镜下妇科手术、内镜下癌症早期诊断及早期癌粘膜剥离术、内镜下粘膜剥离术、二尖瓣+主动脉瓣联合机械瓣置换术、全麻体外循环下右室双出口矫治+未闭卵圆孔修补术、髂腹股沟皮瓣转移修复技术、肺动脉置管溶栓技术、下肢深静脉置管溶栓+血管深内球囊支架成形技术。
